경기도의 수도권배제 지역 명단에서 여주시가 제외되면서 파문이 확산되고 있다. 특히 양평군과 가평군은 수도권 제외 지역과 자연보전권역을 성장관리권역으로 변경하는 두 가지 안 모두에 이름을 올리면서 수도권 제외에서 배제된 여주시의 정보력과 정치력에 문제가 있는 것이 아니냐는 의문과 함께 경기도가 의도적으로 여주시를 배제한 것이 아니냐는 음모론도 제기되고 있다. 

경기도는 4월 22일 배포한 보도자료에서 규제개선안을 정부에 건의하는 당위성으로 ‘원주는 강원도라는 이유로 규제를 받고 있지 않고 양평은 수도권이라는 이유로 규제를 받는다’고 예를 들었다. 그러나 이러한 인용은 경계를 마주하고 있는 상류의 원주시는 공단이 들어서고 하류인 여주시는 규제를 받고 있는 것을 예를 들어야 명확한데, 원주와 양평군을 예로 들어 여주시를 배제하려 한 것 아니냐는 의심을 사고 있다. 남한강이 상류인 원주, 여주, 양평 순으로 물줄기가 흘러가기 때문에 당연히 원주시를 비교대상으로 하려면 경계를 맞대고 있는 여주시를 예로 들어야 맞기 때문이다.

또 여주시 농업인구는 주민등록인구 대비 16.76%로 이번 개선안에 포함된 가평,양평군 (14.2%)보다 많은 사람들이 농업에 종사하고 있음에도 농촌지역으로 가평군과 양평군은 수도권 제외에 포함되고 여주시가 배제된 것도 문제라고 지적된다.

경기도의 여주시 배제 소식을 접한 시민 A씨는 “경기도가 여주시를 배제한 것은 기초적인 조사도 하지 않고 펼친 탁상공론”이라며 경기도의 처사에 강한 불만을 표시했다.

다른 시민 B씨는 “이럴 거라면 차라리 여주도 강원도로 편입하는 게 좋겠다”며 “해도 너무한다”는 한탄을 했다.

한편 양평군은 2곳 모두 명단에 올랐지만 여주시는 수도권배제 명단에서 제외된 것에 대해 여주시를 대표하는 국회의원, 정당 위원장들이 모두 양평출신이기에 여주시에 신경을 쓰고 있지 않는 것 이라는 지역홀대론도 벌써부터 나오고 있다.